ככלל ניתן לשרת בצה"ל עם מרבית מחלות דרכי העיכול. יחד עם זאת השירות בצבא כרוך במאפיינים שונים העשויים להחמיר תסמינים הקשורים למערכת העיכול עקב התזונה בצבא, הסטרס והלחץ הנפשי הנלווים לגיוס ולשירות והשהיה מחוץ לבית ולעתים בתנאי עומס על הגוף. נכון להיום, בני נוער עם צליאק מגוייסים לצה"ל בפרופיל קרבי ומקבלים במהלך שירותם הצבאי מזון ללא גלוטן או תשלום לקניית אוכל. לעומתם, חולים עם מחלות מעי דלקתיות (קרוהן או קוליטיס) פטורים משירות צבאי, אך יכולים להתנדב במידה שמעוניינים בכך. כל יתר מחלות מערכת העיכול מקבלות ביטוי בספר הפרופילים הצבאי והלוקים בהם מגוייסים לתפקידים שונים בתנאי שירות שונים לפי סוג המחלה, חומרתה ומידת הפרעתה לתפקוד היומיומי.
פרופ' כ"ץ שירת כראש תחום גסטרואנטרולוגיה בצה"ל. במסגרת תפקידו ערך הוא את פרק מחלות מערכת העיכול בספר הפרופילים של צה"ל, ופעל רבות לקביעת התנאים בהם יכולים חיילים הסובלים ממחלות בדרכי העיכול לשרת בצה"ל. במהלך תפקידו הצבאי בדק הוא אלפי חיילים עם תלונות הקשורות במערכת העיכול וסייע לרופאים הראשוניים ולרופאי המשפחה בצה"ל בפתרון סוגיות הקשורות בגסטרואנטרולוגיה.
פרופ' כ"ץ מאמין כי מערך הגסטרו בצה"ל עושה את עבודתו בצרה מקצועית ונאמנה, אך יחד עם זאת סבור כי עדיף לסיים בירור גסטרואנטרולוגי מקיף עוד טרם הגיוס ולהגיע לבדיקות הרפואיות בלשכת הגיוס עם אבחנה סופית שתמנע בירור מיותר ושיבוץ במקום ובתפקיד לא מתאימים בהמשך.
פרופ' כ"ץ מייעץ למתגייסים ולחיילים לגבי כל הנושאים הקשורים לתחלואת דרכי העיכול ומבצע בדיקות גסטרוסקופיה וקולונוסקופיה במקרים הנדרשים.